藻类是池塘生态系统能量流动和物质循环最初始也是最重要的一个环节。池塘中藻类的种群结构遵从“物竞天择，适者生存”的原则。主导藻类的品种由水质属性、水体中营养盐、温度和光照辐射等因素所决定，同时也受食物链下游捕食生物的种类和摄食压力所影响。营养条件、气候条件或下游捕食生物等因素变化时，就会出现种群演替。
藻类通过光合作用，将太阳辐射及吸收水中营养盐转化为生物质能输入池塘，以驱动池塘生态系统运行，是藻类的主要功能。
藻类下游食物网链有原生动物、浮游动物等，以及滤食性鱼类。
这些牧食藻类的链节中，原生动物、浮游动物也是水中自然而生的生物，而滤食性鱼类是人为放养的，目的就是调节藻类生长与被牧食消费的平衡。如果牧食生物对藻类的“捕食”压力太大，则藻类越来越少；如果“捕食”压力太小，则藻类容易多得泛滥继而老化。
据国外的相关研究，藻类的平均寿命维持在三天左右比较理想。要保持养殖水体的活、嫩、爽，就要保证藻类的合理周转率，即维持藻类生长与牧食消费之间的平衡。
维持藻类生长与被牧食消费之间的平衡，是藻相管理的一个重要方面。
一方面保持池塘水体自然食物网链各个环节的稳定和连续性，这里主要指的天然生产力，如藻类及以藻类为食物的原生动物和浮游动物等这些链节的稳定和连续。
另一方面，依据不同时期阶段天然生产力生物量的多寡情况，放养或搭配放养一些滤食鱼类，通过这些滤食鱼类的摄食来调节藻类与原生动物、浮游动物的生物量。利用高等水生植物控制氮、磷含量 大型漂浮水生植物和浮游植物都是养殖水体的初级生产者,二者在光照和营养之间存在竞争作用。
同时，大型漂浮水生植物还会分泌一些毒素,抑制其他浮游植物的生长。通过高等水生植物吸收水体中的氮磷含量，进而抑制蓝藻的大量繁殖。
通常的做法就是在养殖水体中种植一定量的凤眼莲、茭白、满江红、水花生等水生植物。
其中凤眼莲是公认的去除氮、磷效果最佳的水生植物，能够起到很好的去除氮、磷功效，同时可以改善水体水质。
利用食物链控制蓝藻数量 通过在水体中放养滤食性的鱼类可以初步达到控制蓝藻的目的。
蓝藻是鲢鱼等滤食性鱼类很好的天然饵料,为了形成一个良性的生物链,需要提前做好投放准备，预先调整好水体的养殖结构。
实验发现，对一些老的水体或富营养化较严重的养殖水体可以加大花白鲢的投放量，对于一些新开水体,花白鲢的投放量可适当降低。在实验中我们发现以放养400尾/亩花白鲢的密度，能够对蓝藻达到很好的控制效果。而在实际生产中所采取的一些管理措施是与上述原则背道而驰的，如频繁施用药物消毒杀藻、频繁施用杀虫剂等。
藻类不仅是池塘水体最基础、最重要的天然生产力，更重要的它还是池塘生态系统自净能力中极其关键的环节。
频繁用药物消毒杀藻，不仅破坏藻类生态，更是破坏整个池塘水体的生态系统。
频繁向池塘泼洒杀虫剂，杀灭原生动物和浮游动物，致使食物网链中，牧食藻类的环节缺失中断，引发生态系统紊乱，直接导致藻类泛滥成灾。
至于搭配放养一些滤食鱼类，来调节藻类与原生动物、浮游动物的生物量这一管理环节，目前远远没有做到合理科学。
蓝藻水华具有的三个特征
蓝藻常常被认为是“有害藻”，主要由于一般水体容易形成蓝藻水华。
蓝藻水华具有三个特征：
一是蓝藻疯长，并抑制其他藻类生存生长，使蓝藻“一藻独大”；
二是疯长的蓝藻整体老化并大量死亡；
三是水体生态系统中藻类所具有的生态功能大大降低或丧失。
具有上述三个特征可认为是蓝藻水华暴发。
蓝藻水华严重时大量老化死亡的蓝藻上浮在光照强烈的水体上表层，形成斑状浮渣，浮渣分解时散发着腥臭味，同时大量消耗水中溶氧。此时藻类在水体的生态功能——自净能力和产生氧气等，大大降低或丧失。
所以蓝藻水华暴发的机理必须从两方面来分析，一是蓝藻为什么会疯长并抑制其他藻类生存生长？二是疯长的蓝藻为什么会整体老化并大量死亡？
（1）蓝藻拥有碳酸酐酶 碳酸酐酶是一种催化HC图片分解为CO2和H2O的酶：
HC图片图片CO2+H2O
在水产养殖适宜pH范围内（pH 7.5～8.5），水体中溶解的无机碳（DIC：CO2 + HCO-3+ C图片）的主要形态是HC图片。
碳酸酐酶赋予蓝藻极高的二氧化碳亲和力，只要水体中有少量的溶解无机碳，蓝藻都能以接近100%的最高速率进行光合作用。
（2）蓝藻具有完善的光氧化保护系统 当水体中无机碳不足时，藻类细胞中会产生具有很强细胞毒性的过氧化氢。
如果没有完善的保护系统，藻类就会因过氧化氢中毒而死亡。而蓝藻已经进化出完善的光氧化保护系统，因而蓝藻具有强大的抗逆境生存能力。
（3）蓝藻具固氮酶系一般藻类可以直接吸收利用的有效氮，在养殖水体中有NH3或N图片、N图片、N图片几种形态。
当这些有效氮缺乏时，蓝藻可以直接吸收利用融入水中的氮气，人们把这部分蓝藻称为固氮蓝藻，固氮主要在蓝藻异形胞内进行。
所以说氮成为藻类生长的限制因子时，其他藻类的生长受到限制，而蓝藻将迅速成为优势藻类。
虽然正常池塘环境下有效氮源并不缺乏，但在晴朗天气条件下，由于水温分层导致上下水层难以交流，上表水层藻类增殖旺盛，消耗大量氮源，中下层氮源难以补充到光照层，此时就会出现局部有效氮元素缺乏的现象。
（4）蓝藻具伪空泡 又称假空泡。
伪空泡可调节藻类在水体中浮力，在上午太阳出来之后，蓝藻可借助伪空泡的浮力作用快速上浮到上表水层即最佳光合作用光照强度的位置，有利于争夺光源。在夏秋高温季节，光照较强时，藻类增殖旺盛，消耗着大量的营养元素，致使上表水层的光照层，呈现高水温、高pH的同时，出现局部营养元素缺乏的现象。由于蓝藻具有上述明显的竞争优势，致使其他藻类无法与蓝藻竞争，难以生长，使蓝藻“一藻独大”，这就是蓝藻水华的前期。
这里还需要强调的是水温造成的水体上下分层现象，致使上下水层难以交流，中下水层（包括底泥）营养元素难以补充到上表层。
3.蓝藻的整体老化
蓝藻的“疯长”致使水体上表光照层营养元素进一步大量消耗，营养元素很快又成为蓝藻自身的限制因子时，导致大量的蓝藻整体老化，进一步就是大量死亡，这就是蓝藻水华的暴发。
该过程中，磷或一些微量元素常常首先成为蓝藻营养限制因子，其次是碳元素、氮元素。
同样这里不能忽略的是水温分层致使上下水层难以交流，中下水层及底泥中的营养元素难以补充到上表层。
所以晴朗天气的中午，充分促进上下水层交流及促使底泥再悬浮释放营养，就成为避免蓝藻水华暴发的有效管理措施。
出于养殖管理的需要，在天气晴朗的中午，池塘中都要开启增氧机（多数为叶轮式，涌浪机效果更好些）1～2小时，虽然这些渔业机械在促进上下水层交流方面不充分、不彻底，但对于池水不太深的池塘（水深＜2米），仅仅凭这一点，就可以大大减轻蓝藻水华暴发的强度。
如果安装促进上下水层交流及底泥再悬浮的渔业机械，就可以有效避免蓝藻水华的暴发。
另注：
蓝藻是原核生物，地球上出现最早的生物之一，又叫蓝绿藻或蓝细菌;
蓝绿藻的由来是音译英文名称Blue-green algae；大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，又叫粘藻。
在藻类中，蓝藻是最简单、最原始的单细胞生物，结构简单，与细菌相似，因此又称为蓝细菌，如微囊藻、念珠藻、鱼腥藻等。